Биологическият факултет вече има 50-годишна история – като специалност “Биология” от откриването на Висшия Педагогически институт през 1961 г., прераснал през 1972 година в Пловдивски университет “Паисий Хилендарски”. От 1990 г. съществува като самостоятелен факултет. Разположен е в Стария град, в непосредствена близост до Античния театър.

Всяка година във факултета се обучават близо 1 000 студенти в няколко основни бакалавърски специалности – Биология, Биология и химия, Екология и опазване на околната среда, Молекулярна биология и Биоинформатика. От 2009 г. към Биологически факултет са разкрити две нови бакалавърски специалности – Екология на биотехнологичните производства и Медицинска биология, а от 2010 г. е въведена и бакалавърска специалност “Биология и физика”. Студентските занимания се провеждат в седем основни катедри – Анатомия и физиология на човека, Биология на развитието, Биохимия и микробиология, Ботаника и МОБ, Екология и ООС, Зоология и Физиология на растенията и молекулярна биология. Като част от катедрата по Физиология на растенията и молекулярна биология съществува и териториално обособена Лаборатория по генно инженерство, в която се водят научни изследвания и обучение на студенти и докторанти.

Научната продукция на висококвалифицираните преподаватели във факултета се изразява със стотици публикации, включително монографии, в България и в много страни на света. Тя, наред с качествената преподавателска дейност, създава безспорния авторитет на факултета.